トップライトからの雨漏りです。
正確にはトップライトそのものからの雨漏りではなく、トップライトの脇からの雨漏りでした。

一般にトップライトの脇には、雨水を導くための雨樋状の金物が設けられているものです。
その金物に落ち葉が詰まって、雨水の流れが悪くなっていました。
通常の雨ならば問題ないのですが、大雨の場合には金物から雨水があふれ出していたようです。
そして、金物からあふれた雨水が瓦の裏側を伝わって、瓦の下の防水層の傷んだところから室内側に侵入してしまったということです。

ここで落ち葉が詰まった原因は、家の周囲に植えられていた多くの高木と、屋根の大きさに比べて小さめであったトップライト脇の金物です。

ここでとった対策は、金物の形状を落ち葉が溜まりにくくすることと、雨水があふれにくくすること。
さらに屋根の近くまで伸びていた枝を切ってしまうことでした。
いちおうの対策はとったとはいえ、年に一度ぐらいは、屋根に登っての落ち葉掃除が必要でしょう。
これは、家の周囲の高木を切らないかぎり続くことです。